產品類別區別：媽咪愛是壹種益生菌藥物，通常需要在醫生指導下進行服用，壹般連續使用時間不要超過三個月。它屬於藥物類產品，只能在寶寶生病期間根據醫囑給寶寶吃，病好之後就得立即停藥，不可長期服用，否則會對寶寶的身體產生副作用。相比之下，益生菌產品主要有藥物、食品和保健品三個類別。食品類和保健品類益生菌可以長期服用，不會產生任何副作用。
2、使用的菌種區別：媽咪愛益生菌使用的菌種是枯草桿菌、屎腸桿菌。盡管這兩種菌也是益生菌成員，能幫助寶寶調節腸胃功能，但它們並不在《可用於食品的菌種名單》內。因為科研結果已經證明，屎腸球菌極易形成耐藥性，而枯草桿菌具有抑菌作用。這兩種菌都是條件致病菌，對身體存在潛在的致病性。相比之下，其他益生菌產品如合生元的益生菌產品使用的菌種是瑞士乳桿菌、嬰兒雙歧桿菌、兩歧雙歧桿菌。這些菌種是人體內的生理性常駐菌，也是人體內數量最多的益生菌種類，更被列入《可用於食品的菌種名單》內。
3、含菌量區別：正是因為合生元的益生菌菌種來自人體自有菌種，安全性高，因而每袋的活性益生菌數量高達100億之多，而使用了具有潛在致病性的媽咪愛益生菌則只有1.5億個益生菌。