人工色素穩定性好，但不易褪色。常見的天然色素有四吡咯類色素(血紅素和葉綠素)、類胡蘿蔔素(如胡蘿蔔素和番茄紅素)、多酚類色素(如花青素)、甜菜色素等。根據它們的溶解度，可以分為水溶性和脂溶性兩大類。多酚色素和甜菜色素都是水溶性色素。當它們溶於水時，會出現“褪色”現象。比如桑葚、草莓、藍莓、櫻桃、楊梅、紫甘藍、紫薯等食物中含有的花青素，用水洗會造成細胞損傷。
花青素溶解褪色是正常的。紅甜菜、紅莧菜、紅火龍果的紅色是番茄紅素。當它們用水清洗或煮沸時，色素也會溶解在水中。有些食物雖然含有花青素，但細胞結構比較致密，所以經過短時間的洗滌，顏色不會褪色。但長時間浸泡，外層細胞逐漸吸水，紫色或藍紫色的花青素會慢慢溶出，如黑米、紫米、黑花生、黑玉米、黑大豆等食物。不同品種胞外細胞的緊密程度影響其衰退的程度。
有很多天然食物會變色，因為天然色素的化學性質往往不穩定，遇酸、堿、熱、氧化劑、氧化酶等都會發生變化。開發篩選人工色素時，篩選標準是著色力強，穩定性好。
與天然色素相比，人工色素不易褪色。嚴格按照食品安全國家標準添加的人工色素安全性可控。