主要區別是，成分不同、功能作用不同、使用方法不同，具體如下：
壹、成分不同
1、蛋白粉
蛋白粉的主要成分是蛋白質和氨基酸，壹份蛋白粉的熱量通常在250大卡以內，蛋白質含量在55%-85%之間。
2、增肌粉
增肌粉是在蛋白粉的基礎上添加了壹定比例的碳水化合物、維生素及其他礦物質，壹份增肌粉的熱量通常在600大卡以上，有的增肌粉熱量甚至在1000大卡以上，蛋白質含量在25%-35%之間。
二、功能作用不同
1、蛋白粉
營養補充劑，提高免疫力。
2、增肌粉
提高體內氮儲量。
三、使用方法不同
1、蛋白粉
蛋白粉在起床後、訓練後和睡覺前均可以補充。為了達到更好的吸收效果，蛋白粉在起床後和訓練後要和壹些單糖及多糖（葡萄糖、蜂蜜+水果）的碳水化合物壹同使用，這樣可以提高蛋白的吸收利用率，又可以有效的避免熱量的增加。睡覺前直接補充蛋白即可，最好是具有緩釋效果的蛋白粉。
2、增肌粉
增肌粉建議在起床後和訓練後補充，增肌粉內的碳水化合物矩陣可以快速提升胰島素，把增肌粉中的營養成分更多的推向肌肉，幫助肌肉合成。睡覺前不建議使用增肌粉，由於熱量較高和促進胰島素分泌的作用會增加脂肪的堆積，有時還會影響睡眠。
以上內容參考?百度百科-蛋白粉、百度百科-增肌粉