用作播種的種子，必須充分成熟，才能具有較高的生活力。我們習慣上稱的杜仲種子其實是杜仲的全果實。杜仲種子成熟的較晚，因各地氣候條件的不同，成熟期差異較大，根據田蘭馨等人的研究結果，9～10月份為杜仲種子的充分成熟期。采種時間：北京、河北、山東等地宜在9月20日左右；河南、湖北、江蘇、陜西北部等地應在10月1日左右采種；長江以南各省、自治區最好在10月上、中旬采種。采種過早，種子胚發育不健全或營養物質積累不充分，種子生活力差，發芽率低，培育的苗木生長不良；若采種過晚，南方產區對種子質量影響不大，但這時部分種子已經脫落，采種率低，落下的種子遇到陰雨天氣會很快黴爛。北方產區，特別是霜凍對杜仲種子萌發力影響很大。
在采種母樹上種子成熟的標誌是：外果皮呈綠黃色、粉黃色或棕黃色，具光亮並開始部分失水，果實中間著生種子的突出部分飽滿，手捏硬度大；剝開外果皮，種仁完整厚實，淺黃色或淺棕黃色，胚乳米黃色，有透亮感，子葉乳白色。
采種時應根據天氣情況，最好在晴天進行。北方秋末氣候幹燥，雨水少，對采種比較有利。南方多雨產區，應選擇好采種日期，避免種子采後發黴。采種時先將樹下雜物清理幹凈，並鋪上壹層塑料薄膜，用手摘或用竹竿輕度敲打，盡量不碰傷母樹枝條。