這項技術的原理是基於真核轉錄因子TFID的結構，其中TFID由TD和TBP兩個亞基組成，它們通過壹種叫做螺旋-環-螺旋的結構相互連接，形成穩定的復合物。
在酵母雙雜交系統中，TD和TBP被兩種目的蛋白取代，壹種是誘餌蛋白，另壹種是獵物蛋白。這兩種蛋白分別插入酵母細胞的兩個DNA序列中，分別是激活基因和報告基因。
如果誘餌蛋白和被捕食蛋白可以相互作用，它們將形成功能轉錄因子，從而激活報告基因的表達。如果報告基因表達，人們可以通過檢測報告基因的產物來判斷兩種蛋白是否相互作用。
酵母雙雜交技術的價值主要體現在以下幾個方面:
1.研究蛋白質之間的相互作用:酵母雙雜交技術可用於研究蛋白質之間的相互作用，對了解蛋白質的功能和生物過程具有重要意義。
2.發現新的蛋白質相互作用:通過酵母雙雜交技術，研究人員可以發現新的蛋白質相互作用，這將有助於揭示新的生物學機制和疾病病理學。
3.篩選蛋白質相互作用抑制劑:酵母雙雜交技術可用於篩選能阻斷蛋白質相互作用的化合物，這為新藥研發提供了可能。
4.預測蛋白質相互作用:通過分析已知的蛋白質相互作用，酵母雙雜交技術可以幫助預測其他蛋白質之間的相互作用，這為研究蛋白質網絡提供了重要線索。
百度百科-酵母雙雜交系統