馬蹄蓮的種子在休眠期收獲。這個時候，馬蹄蓮的新葉還不算長，老葉開始有點發黃。這時候要慢慢減水，壹點壹點減，等葉子自然枯死，盆裏的土幹了，再把種子挖出來。
當馬蹄蓮開始休眠時，減少澆水，當土壤幹燥時，從盆中挖出種球。將球莖浸泡在抗菌溶液中，晾幹，用厚紙包好，放入冰箱。氣溫5 ~ 7℃。最好等球根芽長壹點再種，60天內就能開花。
馬蹄蓮鱗莖的保存時間
馬蹄蓮鱗莖可以保存五個月左右，五個月後可以種植，然後用壹些濕沙掩埋。但沙子裏的水分不能太多，沙子可以略濕但不能完全幹。
夏季馬蹄蓮鱗莖的保存
馬蹄蓮種子可以在夏天曬幹，用報紙包起來放在冰箱裏。只要溫度保持在7-9度，兩個月後就可以把種子從冰箱裏拿出來，放在室內幾天解除休眠，然後就可以播種了。
馬蹄蓮球莖儲存在冰箱裏。
馬蹄蓮種球可以放在冰箱裏保存，但要先消毒後用藥水浸泡，然後晾幹，用報紙包好放在簡易容器裏，再放入冰箱。冰箱溫度不能太低，保持在10以上。
馬蹄蓮種球的處理
處理馬蹄蓮鱗莖需要配制赤黴素溶液，將鱗莖放入，取出約10-15分鐘。浸泡時間不要太長。浸泡後取出，種子要晾幹，然後才能種植。