黑木耳浸泡方法不當會滋生壹種椰綠假單胞菌，無毒，但在黑木耳浸泡過程中會產生壹種有毒的黴菌酸。這種物質毒性特別大，被人體吸收後會導致中毒、惡心、嘔吐、腹瀉。
黑木耳在浸泡中間沒有換水，環境溫度沒有控制好，是導致木耳中毒的重要原因，因為在浸泡過程中會滋生壹種對人體有害的細菌，而這種細菌在外界溫度在37度左右時繁殖最快，所以要想避免木耳中毒，就要放在低溫的地方浸泡。如果夏天泡黑木耳，最好放在冰箱裏泡，以免其本身含有對人體有害的物質。
木耳浸泡過程中要換2~3次水，避免泡木耳的水渾濁、粘稠、有異味。如果出現這種情況，不要繼續食用木耳，否則會影響其食用安全。另外，黑木耳的浸泡時間不宜過長。壹般情況下泡兩三個小時就可以了，因為它的變質速度特別快。浸泡時間超過8小時，會滋生大量細菌，這樣的黑木耳吃了會中毒。
木耳泡好後，應盡快食用，不宜久存。另外，每次泡木耳也不要泡太多，不然泡不完，儲存過程中會產生有害物質，繼續吃還會導致食物中毒，危害人體健康。泡發後的黑木耳要仔細清洗，對變質或有異味的食用黑木耳要停止食用，以免出現中毒癥狀。