空腹喝酸奶是不可取的。嗜酸乳桿菌的存活與胃腸道中的PH值密切相關。根據醫學研究部門的細菌學培養試驗結果，嗜酸乳桿菌在PH 5.4以上的環境中生長繁殖良好，而在PH 2以下則很難存活。比如空腹喝酸奶，胃液PH值壹般在2左右，嗜酸乳桿菌就會被殺死或者活力嚴重降低，從而達不到酸奶應有的保健效果。因此，喝酸奶最合適的時間應該是在飯後2小時內，此時胃液的PH值已普遍上升到5左右，更適合嗜酸乳桿菌的生存和生長，從而有助於其獨特的保健作用。
酸奶熱量豐富，100克酸奶含72千卡熱量。喝多了容易使人發胖。對於那些不願意吃好吃的酸奶又怕胖的女性來說，就不得不在酸奶的選擇上多花些時間了。對於這樣的女性，專家建議選擇標有脫脂低熱量字樣的酸奶。雖然味道沒有那麽豐富醇厚，但是熱量低，不會讓熱量在體內快速堆積而發胖。另外，水果料酸奶也可以選擇，因為100g水果料酸奶的熱量只有65千卡左右，比普通酸奶低很多，可以放心飲用。
很多人認為酸奶營養價值高，含有嗜酸乳桿菌，所以認為可以多喝。其實，酸奶喝多了，會造成部分營養物質暫時過剩，並可能導致代謝紊亂，尤其是嗜酸乳桿菌攝入過多，會導致腸道原有微生物菌群失調，從而引發壹些腸道疾病。