環境汙染導致海洋生物體內重金屬超標，海鮮也不例外，所以如果長期食用海鮮，會導致體內重金屬等有毒有害物質的積累，危害身體健康。
渴望“鮮”“嫩”，生吃海鮮，危害更大。由於海鮮中含有大量的病原微生物和寄生蟲，如廣州管圓線蟲、華支睪吸蟲、肺吸蟲等，生吃或加熱不徹底都可能發生食物中毒、腸道傳染病或寄生蟲病。
海鮮含有五氧化二砷。如果海鮮和水果壹起吃，水果中的維生素C可能會把五氧化二砷還原成三氧化二砷，也就是砒霜。所以，如果海鮮和水果壹起吃，很容易導致中毒。此外，水果中的果酸、單寧等成分能與海鮮中的礦物質結合，形成不易消化的物質，刺激胃腸道。啤酒和海鮮壹起吃會產生過多的尿酸，誘發痛風和關節炎。所以這類患者需要註意。
如果壹邊吃藥壹邊吃海鮮，會給身體帶來困擾。因為壹些海鮮中的成分往往會和壹些藥物中的成分相互作用，對人體有害。慢性病患者如果吃海鮮，容易引起疾病復發。
有些海鮮含膽固醇高，如螃蟹、貝類、蝦、墨魚等。長期食用會造成血脂水平異常。海鮮中的外來蛋白質會引起過敏反應。所以對海鮮過敏的人，最好不要吃海鮮或者選擇性的吃海鮮。