①組成型啟動子是指在這類啟動子的控制下，結構基因的表達壹般恒定在某壹水平，在不同組織和部位的表達水平沒有明顯差異。目前，最廣泛使用的組成型啟動子是花椰菜花葉病毒(CaMV)35S啟動子和來自根癌農桿菌Ti質粒T-DNA區的胭脂堿合酶基因Ocs啟動子。雖然後者來自細菌，但它具有植物啟動子的特征。
②組織特異性啟動子又稱器官特異性啟動子。在這類啟動子的控制下，基因往往只在某些器官或組織中表達，並表現出發育調控的特征。例如，基因啟動子TA29在煙草的花粉絨氈層細胞中特異性表達，豌豆的leguimin基因啟動子可以在轉化植物的種子中特異性表達，patatin塊莖貯藏蛋白基因啟動子主要在塊莖中表達。
③誘導型啟動子是指在某些特定的物理或化學信號的刺激下，這類啟動子可以大大提高基因的轉錄水平。目前已經分離出光誘導表達基因啟動子、熱誘導表達基因啟動子、創傷誘導表達基因啟動子、真菌表達基因啟動子和細菌表達基因啟動子。
目前植物基因工程中常用的終止子有胭脂氨酸合酶的nos終止子和Rubisco小亞基基因的3’端區域。