棉酚會毒害生殖系統，引起男性精子突變。棉酚有毒，導致無精子癥。
美國國立衛生研究院國家環境毒理學研究中心主任蔣洪哲表示，在中國“增產報國”的初期，部分地區的生育率在中國是異常低的。經過調查發現，生育率低的地區大多比較窮，用的都是未精煉的棉籽油。在很長壹段時間裏，女性沒有月經，而男性情緒低落，疲憊不堪，甚至被診斷為無精子癥。
蔣宏哲主任指出，在了解棉籽油對生殖能力的影響後，我國曾嘗試用棉籽油晶體制作避孕藥，但最終發現棉籽油中的棉酚會對生殖系統造成不可逆的毒性，損傷精子，引起精子變性、減少，甚至睪丸萎縮，導致無精子癥、低鉀血癥、精神疲勞、四肢無力，因此不再使用棉酚制作避孕藥。
制造商沒有機會制定殘留物標準。
棉籽油是壹種非常便宜的劣質油。精煉棉籽油雖然幾乎可以脫除油中的棉酚，但仍有殘留，精煉成本高。棉酚殘留國內外都沒有標準。發達國家幾乎不吃棉籽油，但仍有少數國家使用精煉棉籽油，大部分用於添加到調配配方或動物飼料中。