鮮黃花菜的花和根含有壹種有毒的生物堿，其中雄蕊含有的毒素最多。食用後可能引起食物中毒、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀。新鮮的黃花菜在食用前需要解毒，所以食用幹黃花菜更安全，因為其中所含的毒素可以在幹燥過程中被破壞。
新鮮黃花菜的花和根含有壹種有毒的生物堿。人食用後容易在體內氧化產生有毒的秋水仙堿而引起中毒。發現成人食用鮮黃花菜50-100g(其中含秋水仙堿0.1-0.2mg)後，會出現急性中毒癥狀，如口渴、咽幹、惡心、嘔吐，嚴重者出現便血、血尿。
秋水仙堿是秋水仙屬多年生植物，生長在低濕度的草原上。全草含秋水仙堿，食用後氧化成二氧化秋水仙堿，侵害中樞神經系統和心腦血管系統，導致神經麻木和內臟出血。這是壹種生物堿。最初因提取自百合科植物秋水仙堿的鱗莖而得名。純秋水仙堿為黃色針狀結晶，熔點為157℃，易溶於水、乙醇和氯仿，味苦。
在食用新鮮黃花菜之前，必須對其進行處理，去除秋水仙堿。因為秋水仙堿水溶性好，可以說是將新鮮的黃花菜放入沸水中焯壹下，然後用清水充分浸泡、沖洗，使秋水仙堿最大限度的溶於水，此時可以保證烹飪的安全性。秋水仙堿不耐熱，大火煮10min左右即可破壞。