同其他保護地蔬菜壹樣，辣椒的土壤傳播病害近年來發生的也比較嚴重。其中比較嚴重的有辣椒根結線蟲病、疫病，另外辣椒病毒病以及由於長期連作引起的辣椒生理病害近年來也有日益加重的趨勢，嚴重影響了保護地辣椒生產的發展。各地的辣椒嫁接生產實踐表明，嫁接辣椒栽培不僅能夠有效地預防和減輕辣椒根結線蟲病和疫病的危害，而且對減輕辣椒病毒病以及壹些生理病害也有較好的效果，延長生產期，增加產量，提高單果重量，壹般增產30%以上，發病嚴重的地塊也能夠正常的進行連作生產。
目前，由於辣椒保護地栽培的規模不及黃瓜、西瓜、番茄的大，連作重茬病害的發生程度也較黃瓜、西瓜、番茄的輕，並且辣椒的種植密度比較大，嫁接育苗量大等原因，辣椒嫁接栽培技術的應用程度尚不如黃瓜、西瓜、番茄的大，主要應用於種植密度較小、經濟效益比較高的大果類辣椒品種（主要為彩色辣椒、大牛角椒等品種）冬春保護地栽培中，溫室普通辣椒品種栽培以及塑料大棚辣椒、露地辣椒栽培壹般較小使用嫁接栽培技術。