發泡24小時後，無論是常溫保存還是冷藏保存，亞硝酸鹽含量都會下降。所以泡好的木耳放壹晚上會比較安全。只是為了避免變質和異味，還是放冰箱冷藏比較好。
人們在栽培黑木耳時，會在培養基中添加尿素、銨鹽等含氮物質，這些物質會被微生物利用，產生亞硝酸鹽。因此，鮮木耳中往往含有少量的亞硝酸鹽。
有人指出木耳等菌類容易富集亞硝酸鹽，但最近壹項研究指出，木耳中的亞硝酸鹽含量遠低於新鮮蔬菜的標準。另外，木耳泡好後，亞硝酸鹽含量會更低。因為亞硝酸鹽在浸泡和反復洗滌過程中會隨水流失，所以浸泡過的木耳比鮮木耳更安全。
幹木耳本身無毒。壹般情況下，合格的幹木耳經過浸泡、油炸、焯水後可以涼拌食用。之所以會有“中毒”的現象，是因為木耳起泡時間長，被微生物汙染了。
在環境溫度較高的情況下，木耳(包括銀耳、香菇、蘑菇等菌類)、谷類發酵制品(如濕米粉、濕米粉、糍粑、醋果凍等。)和馬鈴薯產品很可能被壹種叫做椰假單胞菌的細菌汙染。
這種細菌本身並不致命，但它可以產生兩種致命的毒素，即真菌酸和毒黃素。毒素“谷維素”耐熱，不能被普通烹飪方法破壞，加熱食用後仍可引起食物中毒。