菠蘿中含有三種對人體不友好的物質，即糖苷、菠蘿蛋白酶和5-羥色胺。糖苷是有機物，對人的皮膚和口腔黏膜有刺激作用。吃了未經處理的生菠蘿，會讓人嘴巴發癢。菠蘿蛋白酶是壹種蛋白質水解酶，具有很強的分解纖維蛋白的功能。有些人對這種蛋白酶有過敏反應，食用後會出現惡心、嘔吐、皮膚潮紅發癢、蕁麻疹、頭痛等癥狀。，甚至會出現嚴重的呼吸困難和休克。5-羥色胺是壹種含氨的有機物，能使血管強烈收縮，使血壓升高，所以菠蘿吃多了直接反應就是頭痛。所以菠蘿雖然好，但也不要直接吃。吃之前壹定要處理好。
處理方法是:將菠蘿去皮，挖幹凈，切成片或塊，放入沸水中煮。這樣可以破壞菠蘿蛋白酶，糖苷會被消除，5-羥色胺會溶於水；將菠蘿切成片或塊，用鹽水浸泡30分鐘，再用涼開水浸泡，去除鹹味，也能達到預防過敏的目的。