它含有壹些抗營養因子，不僅不利於營養物質的消化吸收，而且對健康有害。比如豆類含有抑制劑，皂甙，凝集素，這些都對人體有害。對付它們最好的辦法就是煮豆漿，長期吃豆漿的人也別忘了補充微量元素鋅。
中醫認為豆漿性寒滑，胃寒。酒後惡心、噯氣、吞酸的人，脾虛易腹瀉、腹脹的人，夜間尿頻遺精、腎虛的人，都不宜喝豆漿。
豆類含有壹定量的低聚糖，會引起噯氣、腸鳴、腹脹等癥狀，有胃潰瘍的朋友最好少吃。胃炎、腎衰竭患者需要低蛋白飲食，而豆類及其制品富含蛋白質，其代謝產物增加腎臟負擔，應禁食。豆類中的草酸鹽能與腎臟中的鈣結合，容易形成結石，會加重腎結石的癥狀，所以腎結石患者不宜食用。
豆漿壹定不能和紅黴素等抗生素壹起服用，因為會發生化學反應。喝豆漿和服用抗生素的間隔時間最好在1小時以上。豆漿中的蛋白質大都會在人體內轉化為熱量消耗掉，不能充分起到滋補作用。喝豆漿的同時吃壹些面包、糕點、饅頭等澱粉類食物，可以使豆漿中的蛋白質等在澱粉的作用下更充分地隨胃液水解，使營養成分得到充分吸收。