白斑病、辣椒病(絨)、爛鰭爛尾、黴菌是鉛筆魚的常見病，但只要水質好，水溫正常，這些病都是可以預防的。但如果初期處理不當，很容易使鉛筆魚衰弱，後期死亡。
白斑病:白斑蝽屬於壹種外寄生纖毛蟲。癥狀是體表會出現類似白斑的白色囊腫，白斑的大小比辣椒稍大，斑點的顏色為亮白色，可以用來鑒別鉛筆魚的辣椒病。在治療中，可以使用鹽、甲基藍、孔雀石綠、加溫或市售的治療白斑的藥物進行有效治療。但如果初期處理不當，很容易使鉛筆魚衰弱，後期死亡。
胡椒病(絲絨、絲絨病):鉛筆魚感染此病後，皮膚上可見比白斑病小的白色(或褐色)斑點，這些斑點比較密集，像胡椒塗在魚的外表。壹般的處理方法是將火焰鉛筆魚放入5%的鹽水中，2 ~ 3天左右即可治愈。經常換水並保持清潔可以預防這種疾病。
爛腮和爛鰭:爛腮和爛鰭是由於細菌感染腮和鰭而引起的組織壞死和破爛。治療過程中可以使用細菌類藥物進行治療，同時可以提高通氣量。壹般來說，爛腮爛鰭的治療成功率較高。