蠅蛆病的主要癥狀是蛆對宿主或患者的機械刺激。蠅蛆體表的毛、鉤、刺、遷移都會刺激宿主的體壁。患者會在身體的某個部位感到刺痛、疼痛、瘙癢、異物感、遊走等。比如鼻蛆患者會打噴嚏，感覺鼻子裏有異物。泌尿生殖道蠅蛆病患者會感到下腹部、尿道和陰道刺痛、移行、尿頻、尿急和疼痛。皮膚蠅蛆病患者會感到皮下錐痛，皮下有移行感，甚至皮下可見蠅蛆移行留下的隧道。另外，蠅蛆體表有細菌，可能會引起感染。引起鼻蛆的蠅蛆可能通過鼻竇進入顱腔，造成嚴重後果，甚至死亡。引起眼睛蠅蛆病的蠅蛆可能會進入眼球，破壞眼睛中的組織並導致失明。壹些蠅蛆會以宿主的身體組織為食，例如螺旋粉虱的蠅蛆。後果很嚴重，甚至死亡。