板藍根也不是完全沒有副作用。必須在醫生指導下適量服用。不宜長期大量服用，也不能像喝茶壹樣喝。板藍根顆粒的使用引起兒童過敏反應，消化道出血，造血系統損傷時有發生，而肌肉註射板藍根也會引起過敏反應，引起註射後血尿，使用時壹定要慎重。菘藍實際上是由兩種叫做菘藍和菘藍的根幹燥而成。該藥含有致病物質，具有壹定的抗菌、抗病毒作用，如“清熱解毒、涼血止血”，對春季感冒、流行性感冒、流行性乙型腦炎、流行性腮腺炎、紅眼病、麻疹等常見病有較好的防治作用。板藍根具有廣譜的體外抗菌作用，可抗痢疾桿菌、沙門氏菌、溶血性鏈球菌、抗病毒及具有抗炎、鎮痛、解熱作用的傳統中藥。動物實驗表明，它能促進或刺激免疫力，增加體內白細胞。到目前為止，鮮有用現代醫學方法研究板藍根的報道，也沒有人在藥物研究方面將其與其他抗生素進行比較，如紅黴素、四環素和新壹代抗生素阿奇黴素、克拉黴素、多西環素等。雖然長期服用板藍根可以提高白細胞的含量，但臨床上並沒有病例顯示板藍根會引起白血病。相反，板藍根是治療白血病的良好輔助藥物。
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