蜂蜜保存時間長，但如果放置時間長，不使用，可能會導致變質。蜂蜜基本都是罐裝密封的，平時要存放在陰涼的地方，但是炎熱的夏天可以放在冰箱裏保存。
天然蜂蜜是蜜蜂自己釀造的成熟蜂蜜，沒有任何加工和添加劑。結晶蜂蜜不會因為沒有經過加工而失去營養成分，保持營養活性，是蜂蜜中的珍品。
保護
天然蜂蜜嚴格意義上是沒有保質期的，因為天然蜂蜜內部的超高滲透壓可以抑制微生物，天然蜂蜜中富含的溶菌酶等抗菌物質也可以殺滅微生物。事實上，天然蜂蜜在保存完好的情況下甚至可以“永不變質”，但作為食品出售時必須標註保質期，所以天然蜂蜜的保質期壹般標註為2年或18個月。
天然蜂蜜雖然沒有嚴格的保質期，但是如果保存不當，很容易提前變質。保存天然蜂蜜時，壹定要註意以下幾個問題:首先不要用鐵或銅等金屬容器長期保存；其次，應完全密封，存放在通風幹燥的環境中；再次，不要與易聞或有毒的東西存放在壹起；第三，服用時必須使用幹燥衛生的勺子。