1、成分不同：氨基酸奶粉是將蛋白質通過人工的手法，完全分解為氨基酸的奶粉，適用於對母乳，對怕配方奶中蛋白質、肽鏈過敏的寶寶；深度水解奶粉是將蛋白質水解為小分子的短肽或多肽鏈，適合對大分子蛋白質過敏的寶寶。
2、口感不同：壹般來說，深度水解奶粉和氨基酸奶粉的能量密度是相似的。差異很小，幾乎可以忽略不計，但是口感區別較為明顯，氨基酸奶粉相對於深度水解奶粉，因為蛋白質被水解為更小的氨基酸，因此，吃起來在口感上，不如含有少量多肽的深度水解奶粉。
3、食用階段不同：氨基酸奶粉和深度水解蛋白奶粉的食用階段不同。壹般寶寶對牛奶蛋白過敏嚴重的情況下，先食用氨基酸奶粉比較合適，等到寶寶喝滿規定的時間後，再轉換為深度水解蛋白奶粉。如果寶寶對牛奶蛋白過敏程度不是很嚴重，那麽可以給寶寶喝深度水解蛋白奶粉，能緩解寶寶的反應，同時可以鍛煉寶寶的免疫力。
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