1、衛生指標不同：
醫用潔凈水和普通的食用蘇打水區別是很大，前者衛生指標比後者的要高出很多，兩者所含的微量成分也有所不同，食用性的蘇打水最好不要進行醫療的外敷使用，兩者千萬不要搞混，蘇打水也被人們稱為弱堿性水，是帶有弱堿性的碳酸飲料，有些產品可能會增加鹹味劑和香料。
2、配置不同：
日常使用的蘇打水只是天然的蘇打水，醫院蘇打水是壹種消毒所特制的蘇打水，兩者的配置也有很大的差別，市面上所銷售的食用蘇打水大部分中是在經過純化的飲用水中，加入了二氧化碳，並添加甜味劑和香料，人工合成的碳酸飲料，蘇打水在醫學上可外用於消毒殺菌，內服可以綜合人體內的酸堿平衡，壹般來說消毒的蘇打水最好是百分之零點四左右。
3、用途不同：
醫用蘇打水含有弱堿性，醫學上可以用作消毒殺菌，也可以改變人體酸性體制，直接噴入陰道的話能夠改變局部的酸堿度，對於黴菌性陰道炎有很好的治療效果。平時這種藥物也不是隨便進行應用的，比如說如果陰道隨便用的話可能會引起炎癥，使陰部環境遭到破壞。