1.普通西瓜是二倍體，也就是有兩套染色體(2n = 22)。
2.無籽西瓜是三倍體植物，即有三套染色體(3n = 33)；
第二，生殖能力不同:
1.普通西瓜可以正常開花結果，種子可以正常發芽生長。
2.無籽西瓜是三倍體，所以沒有繁殖能力。
第三，水果不同:
1，無籽西瓜沒有籽。
2.普通西瓜是有籽的。
擴展數據:
無籽西瓜的原理:
利用人工誘導多倍體的方法，用秋水仙堿處理二倍體西瓜的種子或幼苗，使細胞分裂中期紡錘體絲和初生壁的產生受阻，復制的基因組不能分成兩極，中間形成次生壁。結果形成了基因組加倍的細胞，使普通二倍體西瓜的基因組加倍，獲得了四倍體西瓜植株。然後與二倍體西瓜植株(作為父本)雜交，獲得三倍體種子。由三倍體種子發育而成的三倍體植株，由於減數分裂過程中同源染色體的聯會紊亂，不能形成正常的生殖細胞。
然後用二倍體西瓜的成熟花粉刺激三倍體植物花的子房成為三倍體果實，因其胚珠不能發育成種子，故稱三倍體無籽西瓜。
參考資料:
百度百科-無籽西瓜