文昌魚起源很早，4億年前就發現了不完整的化石。在泥盆紀，出現了許多現代魚類。古代的魚可分為四類，即盾形魚、無顎魚、軟骨魚和硬骨魚。其中盾形類已經滅絕，無顎類魚類僅剩幾條，而軟骨魚和硬骨魚是魚類的主要分支。
文昌魚看起來像壹只蟲子。只有10 cm左右。雖然文昌魚被稱為魚，但事實上，它不是魚。它優於無脊椎動物，但比魚原始得多。但它有著其他高等脊椎動物胚胎發育時出現的鰓裂和脊索，背上壹根中空的神經管代表了脊椎動物的早期結構。
文昌魚沒有頭，沒有側鰭和奇鰭，全身光滑無鱗。雖然它沒有明顯的頭部，但如果妳得到壹只文昌魚，它的前端在壹側被斜切，這也被稱為頭部。它的前端周圍有許多觸角，用來尋找食物。像所有的魚壹樣，呼吸器官由鰓裂組成。文昌魚有許多鰓裂，穿過占體長2/3以上的寬管壁或咽壁。
基於上述特征，文昌魚屬於無脊椎動物向脊椎動物過渡的物種。生物學家認為，就生物進化史而言，文昌魚是魚類的祖先。
至於文昌魚是從哪種動物進化來的？科學家還沒有研究過。
活化石-文昌魚