腸炎的病因包括細菌、病毒、農藥、食物本身的毒素、食物及食物的化學作用，或其他無機物的汙染。
細菌產生的原因包括:最常見的食物被細菌感染，煮熟或半熟的食物特別容易被細菌感染。蒼蠅和不衛生的炊具。存放在室溫下的食物很可能被細菌嚴重汙染。冰箱要在4度以下，熱櫃要在60度以上，這樣可以阻止細菌的生長繁殖(其實並沒有死)。葡萄球和三桿菌通常來自處理食物的人。尤其是含有牛奶、加工肉類、生魚壽司等的食物。
葡萄球菌、大腸桿菌和沙門氏菌是最常見的病原體。
彎曲桿菌通常存在於受汙染的家禽、肉類和魚類中。這種細菌經常導致腹瀉和嚴重的腹痛。
大腸桿菌有很多種，大部分是無害的，但也有壹部分會引起新生嬰兒急性腸胃炎，這種感染經常在育嬰室傳播。這與奶瓶的滅菌程序有關。