黃曲黴毒素中毒主要損害動物的肝臟，受害個體因動物種類、年齡、性別、營養狀況不同而異。研究結果表明，黃曲黴毒素可導致肝功能下降，產奶量和產蛋率降低，動物免疫力易受有害微生物感染。此外，長期食用含有低濃度黃曲黴毒素的飼料也會導致宮內中毒。通常，幼小的動物對黃曲黴毒素更敏感。黃曲黴毒素的臨床表現為消化系統功能障礙、生育能力降低、飼料利用率降低、貧血等。黃曲黴毒素不僅能降低奶牛的產奶量，還能使牛奶中含有轉化的黃曲黴毒素M1和M2。據美國農業經濟學家統計，食用被黃曲黴毒素汙染的飼料，每年會給美國的畜牧業造成至少10%的經濟損失。在中國，損失可能更大。黃曲黴毒素可引起家禽的法氏囊和胸腺萎縮，皮下出血，反應差，抵抗力下降，疫苗無效，對疫病的易感性提高，蛋變小，蛋黃重量降低，受精率和孵化率降低，胚胎死亡增加，不健康。它會導致家畜生長緩慢、攝食率降低、黃疸、皮毛粗糙、低蛋白血癥、肝癌和免疫抑制。