以新鮮瑪咖為原料，不添加任何色素和防腐劑。將新鮮瑪咖清洗幹凈，瀝幹水分，取其根；切成薄片，將瑪咖根與紅糖和水按照1:0.9-1:0.9-1.1的重量比混合，加入紅糖和水，攪拌，在桶的上部蓋上塑料布和橡膠套，蓋上桶蓋；發酵30-40天，得到瑪咖酶初始液；過濾得到瑪咖酶濾液；37.5℃恒溫發酵，得到瑪咖酶。本發明制備的瑪咖酶采用新鮮瑪咖制成，充分釋放瑪咖中的有效物質，使其含有多酶、蛋白分解酶、脂肪分解酶、澱粉分解酶、瑪咖烯、瑪咖酰胺、多種天然維生素、礦物質、氨基酸和微量元素等。該制備方法原理科學，設備簡單，適合大規模生產。