巴氏腺囊腫的治療方案有手術治療，手術方式選擇造口術，可以采用二氧化碳激光或微波行囊腫造口術，造口術方法簡單、損傷小，術後能保留腺體功能。巴氏腺囊腫是因為巴氏腺開口部位阻塞，分泌物積聚於腺腔而形成，囊腫是單側，若囊腫比較小且無感染時，患者多無自覺癥狀，在婦科檢查時發現。
不過若囊腫比較大時有外陰墜脹感或者性交時不適感，以前多采用囊腫剝出術治療但手術復雜，對患者損傷大，現在多采用囊腫造口術治療，發現巴氏腺囊腫要早期徹底治療，避免囊腫繼發感染。