將幾個裝有50℃熱水的長方形塑料瓶放入幹凈的泡沫盒中，將接種了納豆菌的泡沫飯盒放在瓶子上。箱內理想溫度為42℃。如果箱內溫度降至38℃，用50℃的熱水更換瓶子。反復更換瓶中熱水，發酵14-36小時，大豆表面產生白色薄膜，出現粘絲後，大豆變成爛豆。如果沒有泡沫箱，也可以用大紙箱，周圍裹上被子和電褥子，或者在箱內插上45℃的燈泡，保持箱內溫度恒定。註意多接觸空氣。
熟化後，在38-42℃恒溫發酵14-36小時，再放入冰箱低溫保存數小時，成品臭豆的外觀和口感會更好。因此，建議臭豆在食用或長期存放前，先放入冰箱低溫保存幾個小時。
關鍵是溫度要保持在38-42℃。(2)豆菌要接種到熱大豆中(溫度最好在38-45℃，溫度過高會殺死豆菌)。