達爾文最感興趣的是文昌魚,它被稱為“最偉大的發現”,因為它“提供了脊椎動物起源的鑰匙”。嚴格來說,文昌魚不是魚。它沒有脊椎,它有壹個柔軟的結締組織棒,上面有柱頭蠕蟲和海鞘。柱頭蟲在頭,海鞘在尾,文昌魚貫穿全身。這根柱子被稱為脊索。脊索是脊椎的胚胎形式,因此文昌魚被認為是脊椎動物的祖先。