治療本病的目的在於，除卻細菌在尿路的存留，避免癥狀再發。
在治療的過程中，必須多加休息，並要給予充分的水分。充分的水分可幫助膀胱迫空及稀釋細菌的濃度，降低腎髓質的滲透壓，使白血球容易進入腎臟組織消滅細菌。
化學藥物的治療有很多種類:大部分藥物屬於抗生素，但要根據患者的身體狀況選擇不同的藥物，細菌培養結果及藥物的特性也決定患者的用藥。藥物給予必須在尿液已收集細菌培養之後。
下泌尿系統感染或無癥狀的菌尿癥，可以在門診治療，服用10~14天藥物。上泌尿系統感染時，則必須住院，治療2個星期以上。至於重復感染的病人，需要6~8周或更長時間的住院治療，以求痊愈。