燕窩發黴，若黴菌看起來是黑色或白色的，那就是常見的黑曲黴或球毛殼黴，是屬常見無毒黴菌，若是黃色的，那就可能會殘留有黃黃曲黴素，是有毒的毒素，需謹慎食用。
其實，要是站在更科學的角度來講，即使是有毒的，那也無所謂，畢竟將黴菌黴斑擦洗幹凈後，殘存的毒素是很少的，再加上經過長時間的沸煮，蛋白質變質，即內含的毒素的蛋白質也會失效，然後變成較為普通的氨基酸
只是發黴了，燕窩上的營養成分有少部分被黴菌消耗，然後營養含量稍微少壹點而已。