學校的辦學歷史可以追溯到1916年錢塘路上的三河縣教師進修車間,1958年開始高等教育,1994年招收本科學生。湖州師範學院、湖州師範學院、湖州師範學院合並1999,2000年成立湖州衛生師範學院。
學校擁有省級以上科研創新平臺14個,獲國家級教學成果獎4項,省級教學成果壹等獎7項,二等獎17項。教育部主持的人文社會科學優秀成果獎2項,主持的省自然科學獎壹等獎、省科技進步獎壹等獎、省哲學社會科學優秀成果獎***5項,其他省部級科研成果獎78項。