肥皂水是壹種堿性液體。使用肥皂水灌腸會刺激肛周皮膚黏膜，損傷皮膚黏膜，不僅會引起結腸炎等疾病，還會引起胃腸功能紊亂。所以用肥皂水緩解便秘是有副作用的。
肥皂水灌腸可用於術前準備，因為它能軟化和清除糞便，減少腹脹，清潔腸道。
灌腸是將壹定量的溶液直接註入直腸、結腸內，刺激結腸、直腸蠕動引起排便的方法，特別是使用肥皂水灌腸時，可引起結腸炎，這與肥皂的堿性和長鏈脂肪酸的毒性有關。
在肥皂水灌腸過程中，如果操作不當損傷了直腸或肛管等消化器官的粘膜，可導致壹定程度的腸穿孔，並伴有出血的不良反應。此時可在醫生建議下進行腹腔鏡手術，修補穿孔。