豆瓣菜因品種和栽培方式不同，可分為兩種留種方式。
（1）種苗留種。豆瓣菜的老莖抗逆性強，能渡過盛夏的不良環境，可采用老莖作種苗就地留種，或移栽留種，即無性繁殖。如在露地栽培，到夏季需將老莖移栽到有遮陽、防雨的場所，晚秋則將老莖移栽到保溫、防寒的保護地內培育種苗。
（2）種子留種。留種田的嫩莖不能收獲，應讓其充分生長，6月份則開始開花，7～8月份種莢開始變黃時便可收獲。若收獲不及時，種莢會幹裂，種子散落，因此，種莢轉黃色時陸續采收，把莢晾曬幹，收取種子貯藏備用。每667米2種子田約可收種子2千克。