第壹，支撐介質不同。
1.聚丙烯酰胺凝膠電泳:是壹種以聚丙烯酰胺凝膠為支持介質的常用電泳技術。
2.瓊脂糖凝膠電泳:用瓊脂或瓊脂糖作為支持介質的電泳方法。
第二，用途不同
1，聚丙烯酰胺凝膠電泳:用於分離蛋白質和寡核苷酸。
2.瓊脂糖凝膠電泳:用於大分子量的樣品，如大分子核酸和病毒。
第三，優勢不同
1，聚丙烯酰胺凝膠電泳:高分辨率。
2.瓊脂糖凝膠電泳:易於制備，分離範圍廣。
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