金針菇最好是吃新鮮的，當天食用最好。如果壹定要保留，放冰箱是比較好的。冰箱的低溫保存在三度左右，金針菇也是低溫生長菌類，在合適它生長的環境裏短時間保存時最好的。
金針菇存放在冰箱在1℃環境中可保鮮2天左右，如果在2-4度環境條件下，可以保存5天左右時間，在7～8℃溫度天可以保鮮1天；保存時，放在盤子裏或盒子裏，壹不能沾水；二不能覆蓋塑料膜，；三保存時間不要超過三天。