瓜蔞的根，名為天花粉，功效主要是清熱瀉火、生津止渴、消腫排膿。主治熱病煩渴、肺熱燥咳、內熱消渴、瘡瘍腫毒。現代藥理研究其具有降血糖作用，天花粉蛋白皮下或肌肉註射，有引產和中止妊娠的作用，所以孕婦慎用。
瓜蔞的果實，功效主要是清熱滌痰、寬胸散結、潤腸。用於肺熱咳嗽，痰濁黃稠，胸痹心痛，乳癰、肺癰、腸癰腫痛。
總的來說，雖然瓜蔞的根和果實都具有壹定藥用價值，但其具體功效和用途存在差異。