壹般選擇1%瓊脂糖凝膠，90-120V電壓沒問題。如果要分離片段，建議降低電壓，增加瓊脂糖凝膠的濃度，上膠時讓溴酚藍盡可能低，只要不跑出想要的片段。我試了2%瓊脂糖凝膠，40V，跑了近三個小時。
對於目標產物大小為80BP的片段，可以用2.0%瓊脂糖凝膠進行電泳。瓊脂糖和TAE的量與您運行的樣品數量有關，因為樣品數量決定了您凝膠罐的體積，凝膠罐的體積決定了TAE和瓊脂糖的量。例如，如果妳的凝膠罐的體積是20毫升，那麽如果妳想混合2.0%的凝膠，妳需要20毫升。