人工轉基因技術與傳統育種技術有兩點重要區別。
第壹，傳統技術壹般只能在生物種內個體間實現基因轉移，而人工轉基因技術所轉移的基因則不受生物體間親緣關系的限制。
第二，傳統的雜交和選擇技術壹般是在生物個體水平上進行，操作對象是整個基因組，所轉移的是大量的基因，不可能準確地對某個基因進行操作和選擇，對後代的表現預見性較差。而人工轉基因技術所操作和轉移的壹般是經過明確定義的基因，功能清楚，後代表現可準確預期。