1.質量:飛魚子醬產量大，所以價格比較低。鱘魚魚子醬因為產量低，價格相對較貴。
2.味道:飛魚子醬顆粒小，味道清淡，所以常被用作壽司的配料。而鱘魚魚子醬，顆粒更大，口感更豐富，被視為高級食品，常用來點綴或佐食。
3.顏色:飛魚子醬的顏色偏黃，而鱘魚魚子醬的顏色為灰黑色。
總體來說，飛魚子醬更偏重於數量，鱘魚魚子醬更偏重於質量。選擇哪種籽醬，看個人口味和預算。