文昌魚作為脊索動物和頭足類的幸存物種，是無脊椎動物向脊椎動物過渡的典型活體標本。自1774年帕拉斯發現文昌魚以來，壹直受到動物學家的高度重視，是研究包括人類在內的脊椎動物起源和進化的極其珍貴的模式動物。