負面影響是會擾亂生物鐘，短期內不會很明顯，長期來看要花很大力氣把生物鐘調回來。
經常喝咖啡容易上癮、失眠、緊張、高血壓。
對於有焦慮癥傾向的人來說，咖啡因會使手心出汗、心悸和耳鳴的癥狀加重。
對於女性來說，可能會增加骨質疏松的威脅。
喝完咖啡不能馬上抽煙，否則容易對心臟造成傷害。