1.外觀差異:外觀上有明顯的差異。三眼蟹蟹頭的胸甲呈紡錘形，背殼上有三個大黑點，就像眼睛壹樣。三疣梭子蟹的甲殼中央有三個突起，因此屬於節肢動物。雄蟹腹部呈三角形，背部深綠色，雌蟹圓形，背部藍紫色。
2.產地差異:三眼蟹分布於日本、夏威夷州、菲律賓、澳洲、紐西蘭、馬來群島、印度洋、南非沿岸的整個印度-太平洋暖水區、臺灣省島以及中國大陸的廣西、廣東和福建。三疣梭子蟹主要分布在朝鮮、馬來群島和中國的大部分沿海地區。