碳酸飲料中大量的二氧化碳具有抑菌作用，不僅抑制了飲料中的細菌，也抑制了胃中的有益菌，從而極大地影響了消化系統的正常運行。
碳酸飲料釋放的大量二氧化碳容易引起腹脹，增加胃內壓力，使胃壁脹大，影響胃蠕動，進而影響食欲，容易導致胃腸功能紊亂，引發胃腸疾病。
2、不宜補腎
含咖啡因的碳酸飲料更厲害，其中的碳酸會增加尿液中的鈣含量，增加結石的概率；其中的咖啡因會造成人體內鎂和檸檬酸鹽的大量流失，但這兩種物質是阻止腎結石形成的防禦者。
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