1. 首次使用須先註冊用戶，註冊後通過用戶登錄，可對填寫的產品信息進行編輯（增刪改）或狀態查詢。註冊後可用於為同壹申請人申報多個產品。註冊賬號和填報產品間具有關聯關系，推薦申請人采用集中同壹註冊賬號申報的管理方式。
2. 填報前申請人應準備證明性文件，並按《特殊醫學用途配方食品註冊申請材料項目與要求（試行）》規定準備申請材料，每頁或騎縫蓋章，每項申請材料掃描為壹個PDF文件。掃描文件要求詳見《特殊醫學用途配方食品註冊申請系統用戶手冊》。
3. 根據系統提示，在系統填報完成所有項目後，可下載打印申請書。打印的申請書蓋章後掃描，與其他電子資料壹並以光盤方式遞交。打印的申請書右上方有條形識別碼，供國家市場監督管理總局行政事項受理服務和投訴舉報中心（受理中心）接收資料時辨別之用。沒有條形識別碼的材料，將不予接收。