秋水仙堿毒性很大，常見的惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛、胃腸道反應是重度中毒的前驅癥狀。出現癥狀時應立即停藥，腎損害可見血尿、少尿，可直接抑制骨髓，引起粒細胞缺乏和再生障礙性貧血。
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消化道反應:是最常見的副作用。很多痛風患者服用秋水仙堿後出現惡心、食欲不振、嘔吐、腹部不適、腹瀉等癥狀。有些患者因為惡心、嘔吐或腹瀉，無法堅持服藥。
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骨髓毒性反應:主要抑制骨髓造血功能，導致白細胞減少和再生障礙性貧血。
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肝損傷:可引起肝功能異常，嚴重者可出現黃疸。
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腎損害:可出現蛋白尿，壹般不會引起腎功能衰竭。
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其他副作用:包括脫發、皮膚過敏、抑郁等。