1，可以考慮樣品是否不純，目標產物和雜帶差別不大，所以跑尾前會多花些時間。參考標記，標記不應該有它。如果有，說明膠水有問題。
2.瓊脂糖檢測DNA壹般去除1~5微升原液，可加入2微升溴酚藍。註意樣本的濃度。
3.可能是原液濃度過高造成的。
4.有可能是DNA被降解了。
原則
瓊脂糖凝膠電泳與其他支持物電泳的主要區別在於它具有“分子篩”和“電泳”的雙重功能。
瓊脂糖凝膠具有網狀結構，物質的分子通過時會受到阻力，大分子湧動時會受到很大阻力。所以在凝膠電泳中，帶電粒子的分離不僅取決於凈電荷的性質和數量，還取決於分子的大小，大大提高了分辨率。但由於其孔徑與蛋白質相比過大，對大多數蛋白質而言，其分子篩效應可忽略不計，目前廣泛應用於核酸研究。