金針菇在冰箱中1℃可保存20天左右，2-4℃可保存5天左右，7-8℃可保存10天。
如果新鮮的金針菇需要保鮮，可以切去根部，用淡鹽水浸泡10分鐘，瀝幹水分，放入冰箱保存，可以延長保鮮時間。
保存金針菇的更好方法:
1，冰箱真空包裝:金針菇如果真空包裝，不能立即食用，可以直接放入冰箱保存3~4天。如果真空包裝打開後還剩下壹些金針菇，可以用原包裝，在真空包裝表面戳幾個小孔，保持空氣流通。
2.化學保鮮法:采用對人畜安全無毒的化學物質浸泡或噴灑在金針菇表面，以延長金針菇的新鮮度。可用於金針菇保鮮的化學物質有:焦亞硫酸鈉、氯化鈉、稀鹽酸、高濃度二氧化碳、防腐劑、抗壞血酸、碧桃通。
3.散裝報紙包好再冷藏:散裝金針菇也可以用報紙包好放在冰箱的保鮮櫃裏。報紙更透氣，保鮮櫃可以防止金針菇水分的過度蒸發，可以保鮮1周左右。