但也含有小毒性物質:氫氰酸、銀杏酚酸、氫化銀杏酚酸、氫化銀杏酚酸、銀杏酚、白果醇。所以銀杏的吃法要註意。若煮熟食用,可分解銀杏酸和銀杏二酸,氫氰酸因其沸點低可除去,所以煮熟的銀杏毒性較小。
為了預防銀杏中毒,熟食少食是根本方法。醫學界認為,生銀杏每天應控制在10粒左右。過量食用會引起腹痛、發熱、嘔吐、抽搐等癥狀。有些人喜歡喝銀杏葉水,這是危險的。銀杏葉含有有毒成分,過量或長期服用會危害心臟健康。